兰州大学敦煌学研究对象主要是敦煌文献的整理收集、石窟佛教艺术研究、隋唐五代西北区域史。台湾高校则侧重研究敦煌文学和佛教艺术等领域。
对于两岸高校的交流合作，郑炳林说，学术研究的方法是有区别，交流成为彼此互补的最好方式，“双导师制”便是从台湾高校借鉴学习而来。“大陆高校博士生一入学便被分配一个指导老师，这样容易导致学生知识面狭窄。我们便和敦煌研究院合作开创了‘双导师制’，为每位博士生在兰州大学和敦煌研究院各安排一名导师，拓展思维和知识面”。
此外，2011年台湾中国文化大学“移地教学计划”在兰州大学也得以实现，台湾高校将“课堂”搬到了兰州大学，现场听取了该校敦煌学课程。
郑炳林说，该教学模式得到了台湾和国外高校的肯定，“今年台湾南华大学申请开设敦煌艺术舞蹈课程，美国密歇根大学等高校也发出访问申请。”
兰州大学敦煌学研究所创建于1979年，目前，已与台湾30余所高校均保持着合作关系。对于两岸高校日后的合作，郑炳林透露，将和南华大学共同编撰《近百年台湾地区敦煌学研究论著汇编》，增进大陆学者对台湾敦煌学研究成果的了解。
敦煌位于中国甘肃西部，历史上是中、西交通要道，为古代丝绸之路的重要枢纽，中西文化汇集之地。敦煌地区保存、发现的丰富历史文献和文物，是敦煌学研究的基础和对象。
